在港澳通行證中的簽注是代表前往的目的地與可前往的次數。比如說在申請辦理港澳通行證填寫申請表格時有一項選擇是選擇所要前往的目的地，如果選了香港，那么通行證的簽注就是香港簽注，選擇澳門的話同樣就是澳門簽注。當通行證上的簽注是香港的話那么簽證持有者就只能前往香港旅游，如果是澳門簽注那也是只能去澳門不能去香港。而且簽注上會注明可以前往的次數，次數用完了是可以續簽的。